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2009年8月20日 (木)

プロキシーサーバーを通してJabRefを使いPubMedのPMIDで文献をインポートする

会社や大学などでは外部に接続する際、プロキシーサーバーを介しなければならない設定になっている場合があります。ブラウザー等ならば設定は簡単でしょうが、JabRefのようなソフトの場合、設定メニューに相当する箇所が無かったりします。しかしJavaで走っているソフトならオプション付きで起動してやることでプロキシーサーバーを指定できます。

先ずは、HTTP用のプロキシーサーバーとポートを特定する必要があります。大抵は
proxy.なんとかかんとか.or.jp:8080
のような名前になっているはずです。8080はポート番号ですね。

後は、ウインドウズキーとRを押すなどしてコマンドラインから実行のウインドウを出して、ここへ
C:\Windows\System32\javaw.exe -Dhttp.proxyHost="プロキシのアドレス(\\のあとから)" -Dhttp.proxyPort="ポート番号" -jar "フルパスでjarファイルを指定"
の様にしてやれば、プロキシーサーバーを指定するオプション付きでJabRefが起動します。

具体的には、もしサーバーが上記の proxy.なんとかかんとか.or.jp:8080 で JabRefがCドライブのプログラムファイルにあるような場合のオプションは:

-Dhttp.proxyHost="proxy.なんとかかんとか.or.jp" -Dhttp.proxyPort="8080" -jar "C:\Program Files\JabRef-2.4.2.jar"

でうまくいくはずです。OSが日本語の場合はC:\Program Filesが日本語でC:プログラムファイルズとかになるのかもしれませんし、どこにインストールしたかで変わりますのでご注意を。JabRefのバージョンも例では2.4.2ですが適時変更してください。

うまく動いたらこれをJabRefのショートカットのプロパティーから実行ファイルを指定している欄へそのままコピペすると、次回からはショートカットをクリックするだけでOKです。またコマンドプロンプトのウインドウが出てきてしまうので、JabRefのショートカットのプロパティーから最小化して起動するようにオプションをしていするとよいかもしれません。(2009/08/23追記。 コマンドでただ単にjava.exeを使っていたのをjavaw.exeを使うように変更しました。これでコマンドプロンプトの新しいウインドウが出ることなくJabRefのみが起動するようになります。)

後は,JabRefでF5キーを押して、Search Medlineのウィンドウを出してここにPubMedでアブストの下の方とかにあるPMIDを指定してやると文献のインポートがらくちんにできてしまう訳です。ちなにみキーワードを複数指定して、ごっそりと検索結果を得て、そこから欲しい文献だけ取り込むこともできます。

JabRefはフリーでJavaなのでOSに依存せず使え、プラグインを導入することで文献をオープンオフィスの文章中へ挿入することなども可能になるなど、おすすめです。インストールなしでWebから直接Javaを起動して試すこともできます。 (http://jabref.sourceforge.net/ からWeb Startです。)

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