カテゴリー「学問・資格」の48件の記事

2017年11月20日 (月)

老化はエピジェネティクスな影響が積り、スプライシングに影響を与えるのかも

Majapetric8287 Maja Petric

シネッセンス細胞のマイブームにより発見したMIT研究者Joshさんのブログ「Playing the game for a longer life」を眺めていると時間を忘れます。ネタの宝庫。

(シネッセンス細胞とはなんじゃという方はこちら:シネッセンス細胞がアツい。不老不死とハゲの治療が同時に可能か?

執筆時点で一番最新のエントリー(2017/11/09)ではレスベラトロール(Resveratrol)というこれまたフラボノイドの一種で、線虫・ハエ・魚・マウスでは摂取すると寿命を延ばす効果が認められている分子が、どうやって寿命を延ばすしているのかの仕組みについて調べた最新の論文について、ざっと書いてあるのだが、これがまた面白い。

このレスベラトロールの作用機序はsirtuinsという遺伝子の転写抑制因子を介していると考えられていたが、じつは少なくとも人の培養細胞系ではそうではなくスプライシング機構に作用し、テロメアを回復し、他のエピジェネティクスな因子を修復することでシネッセンス細胞を通常の健康な細胞に回復することを示したらしい。しかも人の培養細胞での結果なので基本的には人間でも同じ結果が出そう。

ウィキペディアにもあるとおり、臨床試験もある程度あって、ブドウの皮にもあるくらいなので割りと安全性は高そう。

マウスでも2006年にNatureに論文がでて、他の種と同様の効果があるとアブストラクトには書いてあるが、Joshさんはなぜかこの論文を指摘しつつ哺乳類ではたぶん効果がないとか言っているが、論文の本文さらっと読んでみると最後の方で人でも効果が期待できるという書き方をしているくらいので、ふーーむ、勘違いかな。

効果としても寿命を延ばす効果があり、抗がん作用、抗炎症作用などもろもろがあり、またもやフラボノイドだし、クェルセチンとかなり似ている感じだ。クェルセチンはシネッセンス細胞を殺すが、レスベラトロールは治す方向だが。しかし、緑茶だったり赤ワインだったりベタだなぁ。

レスベラトロールはアマゾンにもサプリメントとしてたくさんある。美容効果を謳っていたりするが、これは臨床試験で優位な差がちゃんと出ているので割りと本気で効果ありそう。

2017年11月18日 (土)

シネッセンス細胞がアツい。不老不死とハゲの治療が同時に可能か?

最近natureにあったゾンビ細胞の記事を読んで以来、興味がわいたsenescence cellsという変わった細胞が面白い。私自身は木村拓哉似(相関係数0.12)の脳科学者なのでガンとかアポトーシスのあたりはあまりわからないので分野外から興味本位で調べてみたい。

シネッセンス細胞(老化細胞)とは

senescence cellsはJST科学技術用語日英対訳辞書では「老化細胞」とある。最近、話題に火がついた2016年の論文のネイチャー日本語版の解説記事「老化細胞を除去したマウスは長生き」でも老化細胞とあるのでこれでいいのかな。多分。senescence自体の意味が老化なので直訳だなぁ。でも個人的な好みでシネッセンス細胞と書きます。

シネッセンス細胞とは、体細胞がダメージくらったりテロメアがなくなってアポトーシス(細胞死)するはずが、なんかの拍子で死にそこねたゾンビ細胞みたいなものらしい。どうもがん細胞の増殖を抑えるための仕組みが働いて、分裂もしないがアポトーシスもしない状態になっている。しかも、いろいろ分泌してまわりに炎症を起こしたりするので厄介な存在。年をとると何にもしなくても体が痛かったりだるかったりするのはそういうことなのかな。ちなみにこの炎症はシネッセンス細胞からプロテアーゼとかサイトカインとかが分泌されて起こる局所的な炎症で2008年にsenescence-associated secretory phenotypeと命名され、研究者はSASPと呼ぶ。SASPはありまぁす!

もっと詳しく知りたい方向けに、その話題の論文の英文解説はこちら。そしてBaker et alの論文がこちら。(論文はネイチャーを購読してないと読めないと思いますが解説は読める。ほんとに読みたければSciHubがある。)

シネッセンス細胞の発見から人での臨床試験までの歴史

先程のネイチャーのゾンビ細胞の記事では、シネッセンス細胞自体はLeonard HayflickとPaul Moorheadが1961年に発見・命名しているので割りと長い間研究されてきたみたいだが、当時は「老化の細胞レベルのモデルはsenescence cellsだ」といってみても、時代を先取りしすぎて他の研究者には信じてもらえずHayflickはアホ呼ばわりされていたらしい。

ミネソタ州にあるthe Mayo Clinic in Rochesterという病院付属の研究所でBakerたちが2000年には老化現象が速く起こる老化のマウスモデルを偶然作成し、このマウスにはシネッセンス細胞が多い事が判明。このマウスモデルをつかってなんとかシネッセンス細胞だけを選択的に殺してしまえないか研究して2011年に成功。老化に伴う病気になりにくいことが判明。2016年には普通の年寄りマウスにアポトーシスを防いでいる経路をブロックするタンパク質を注射して、80%のシネッセンス細胞を殺すと寿命が伸びて、老いて毛が抜けた部分もフサフサになることが判明。製薬会社が飛びついて、もうすぐ臨床試験が3つほどアメリカで始まるところ。

これはすごいこと。普通ガンの薬や毛生え薬はネズミでは効くけど人間に試すとほとんどの場合効かないとなってしまい、多額の費用がかかる臨床試験はよほど見込みがないと始めないもの。シネッセンス細胞とがん細胞は紙一重の差に見えるからまあうまくいかない可能性が高い。しかし、うまくいくとこれはやばい。一攫千金。老化にともなる諸々の病気の抑制、寿命を延ばす、ハゲが治る、お肌の肌目がよくなるなとなと。社会的インパクトがものすごい。納税者の皆様。シネッセンス細胞の発見から56年。基礎研究は時間がかかるのです。でも画期的に新しいことが出てくるのも基礎研究からです。研究者は流動性が高いので優秀な人は研究環境が悪く、給料も低い日本からどんどんと逃げています。資源のない国としては自殺行為と思うので安倍政権のみなさまはどうにかしてください。私は帰りませんが。

健康食品・健康法を見直してみる

とは言え、臨床試験には数年かかるし、うまくいくとも限らない。そこで、なんかすでに安全性がわかっている体にいいとされているような食品とか、運動とか実はシネッセンス細胞を殺す効果があったりなんかしないかなぁ・・とおもっていたところ、最近はやっている朝ごはんを抜いてプチ断食する健康法が気になった。朝だけじゃなく、数日やるとショックで代謝に変化起こらないだろうか。そんな分裂もやめて、炎症を起こすような細胞を養っている場合じゃないから、シネッセンス細胞しねっ!ということにならないだろうか。

とおもって、ぐぐってみたところ似たようなことを考える人がいるようで「Is fasting senolytic?」なる記事を見つけた。要約すると、このJoshさんは、健康な細胞が保護され、ダメージがある細胞が死にやすい状態になる断食(fasting)をしながら、4日間の最後の2日にお茶にもよく含まれるフラボノイドであるquercetin ケルセチン(クェルセチン)というサプリメントを2.5g取ってシネッセンス細胞を除去の促進を狙ってみた模様です。

マウスではがんのケモセラピー中の断食は健康な細胞を保護を高め、さらにがん細胞には薬が効きやすくなるするという報告が2012年にサイエンス誌に掲載されているようです。クェルセチンはマウスではがん細胞やシネッセンス細胞の除去に効果が多少あり、食品中に多く含まれるので健康食品扱いで売っているので臨床試験を待たずに比較的安全に試せるということですね。断食中にクェルセチンを一時的に摂取して、断食で健康な細胞を保護+薬でシネッセンス細胞を除去と二重の効果を得ようという考え方の模様。

クェルセチンが健康に良いなら毎日取ったらいいじゃないかというと、そうでもない(かもしれない)ようで、マウスでは一時的に摂取するとシネッセンス細胞が減るが、続けて摂取すると逆効果かもしれないという報告もあるらしい。お茶を毎日がぶがぶ飲んでいるうちの母は元気だがそれは効果があって元気なのか、効果も副作用もないということか。(´・ω・`)ふーーむ。

アマゾンにも一件だけだがあるらしい。

Joshさんは文章から研究者っぽいなとおもったら、やはり生物系でagingを専門にした計算生物学屋さんですね。MITに籍があって独自に研究してるみたい。68歳ということでもうリタイアしたということかな。

まあ、臨床試験がおわるまではJoshさんみたいに独自にリスクを取って人柱するのは結構危険なのでやめたほうがいいです。2.5gは多い気がする。どうしてもやってみたい場合は自己責任でお願いします。

クェルセチンはフィンランドでの疫学調査で摂取量が多い人は肺がんのリスクが低いという結果もあるらしい。クェルセチン自体は食品に含まれるほどなので少量なら摂取しても問題はないはずだが、Joshさんのように一日で2.5グラム摂取とかして大丈夫なのかは不明。マウスの経口半数致死用量が160 mg/kgというから、体重500gのマウスが80mgペロっと食べたら死ぬ確率50%。単純に行くと体重50 kgのマウスなら8 g。人なら?お茶は重量で0.2%程度がクェルセチンなのでお茶っ葉を1 kg食べたら2 gか。

でも断食中にお茶を飲むくらいなら、健康な人が気をつけてやれば、大丈夫でしょうし、なんか禅の修行っぽい。もしかしたらシネッセンス細胞の除去に多少効果があるかもしれません。断食は2日目にぐっと辛さがくるようなので、そこは乗り越えたほうが効果ありそう。Joshさんも4日やってますし。

気になる結果は?

Joshさんの結果が気になりますが、効果を確かめるのは難しいでしょう。ハゲだったのが治ったくらいの変化があれば簡単ですが、時間がかかるでしょう。

Joshさんの断食+クェルセチンの最初の記事は4月。次にquercetinについて報告があるのは10月

Results: Difficult to say with any certainty, but I did feel an ease and speed in swimming after I began re-feeding, and perhaps an easing of chronic stiffness in my low back.

ということで、「なんとも言えない」。そうです。水泳が速くなって腰のハリが緩和された気がするそうですが。 まあ、効果がなにかしらあるとしても体感しづらいことはありえますので、仕方がないですね。なんにしても、Joshさんに副作用がとくになさそうなのがよかったです。しかし、薬の副作用には個人差があるので繰り返しますが、Joshさんの真似はしないほうがいいですよ。

Joshさんのブログは他にも面白い記事が多いので注目していきます。

では、最後に最近お気に入りのユーチューブチャネル「Kurzgesagt」での老化研究最新事情の回。シネッセンス細胞の解説からはじまってNAD+の話、Stem cells幹細胞の話と続く。

2017年9月 8日 (金)

古めの論文でテキスト選択がおかしい時の対処法

Multicolumn

例えば、Acrobatを使っているときに、テキスト選択ツールで、左のカラムを文章をコピーしたい。一行しか選択しないのなら問題はないが、複数のラインになるとまれに、右のカラムにまで選択範囲が行ってしまって、そっちじゃねーよとなる。

古めの論文にありがちですね。上のイメージは2005年のNeuron。

これは、古めの論文だとPDFに文章の構造を指定するタグをちゃんと埋め込んでいないため、PDFリーダーが賢くないとカラムの構造の類推に失敗することから起こる問題のようです。というかAcrobatでもダメなのでタグが無いようなPDFは出版社が悪いと思う。

ウィンドウズの場合は、PDF-XChange Editorだったら下の様に簡単にボックス選択できるのでなんとかなる。PDF-XChange Editorはフリーで、互換性まったく問題なし、本家Acrobatより速いのでおすすめです。

Pdf_xchange

Macな方の場合、PDF-XChangeがないのでAcrobatを使うしかないのが問題でしたが、最近Acrobat Proならばタグを自動で埋め込むことで大部分解決することを発見。たまにPDFからテキストをコピペするとスペースが抜けている場合がありますが、これもタグを削除して、自動生成し直すと治る。

やり方は「既存の PDF へのタグの追加」を参考に、ツールからアクセシビリティを選んで、文書にタグを追加を選択する。そうすると文章の構造を適当に認識してタグを追加してくれる。これで、大抵は治る。Acrobat Proじゃないといけないのが残念。

タグを直したほうが、ボックス選択よりも文章の選択が細かにできるので、Proのライセンスあるのならタグを追加するのが一番よい。PDF-XChange Editorでタグの編集とか追加はちょっと試したが、できなそうかな。。

なぜアクセシビリティにそんな機能があるのかというと、文章の読み上げ機能にカラムの構造の正しい認識が必要なため。

2017年8月 1日 (火)

Juliaやってみよう。五日目。Pythonと速度比較。

def test():

    Ne=800;                 Ni=200;
    re=rand(Ne,1);          ri=rand(Ni,1);
    a=vstack([0.02*ones((Ne,1)), 0.02+0.08*ri]);
    b=vstack([0.2*ones((Ne,1)),  0.25-0.05*ri]);
    c=vstack([-65+15*re**2,  -65*ones((Ni,1))]);
    d=vstack([8-6*re**2,       2*ones((Ni,1))]);
    S=hstack([0.5*rand(Ne+Ni,Ne), -rand(Ne+Ni,Ni)]);
    v=-65*ones((Ne+Ni,1));    # Initial values of v
    u=b*v;                 # Initial values of u
    firings=[];             # spike timings
    for t in range(1000):            # simulation of 1000 ms

        I=vstack([5*randn(Ne,1), 2*randn(Ni,1)]); # thalamic input
        fired=find(v>=30);    # indices of spikes
        if fired.any():

            if firings == []:
                firings=vstack([t+0*fired,fired]).T
            else:
                firings=vstack([firings, vstack([t+0*fired,fired]).T]);

            v[fired]=c[fired];
            u[fired]=u[fired]+d[fired];
            I=I+sum(S[:,fired],1).reshape(-1,1);

        v=v+0.5*(0.04*v**2+5*v+140-u+I); # step 0.5 ms
        v=v+0.5*(0.04*v**2+5*v+140-u+I); # for numerical
        u=u+a*(b*v-u);                 # stability

全快の記事では、Izhikevichモデルを1000 msほどシミュレーションした時のjuliaの実行時間は785 msでした。

速度比較のため、上記のようなnumpyバージョンを作ってみたところ、253 msでした。

Python版ではfiredを調べて空だったらシナプス入力の計算を端折るようにしたので、そのせいで速い可能性もあるので、juliaも同様に

if length(fired) > 0

という風にチェックを入れたら625 msまで速くなった。それでもPythonが三倍くらい速いとかあり得ない。なにかおかしい。

もしかしたらjuliaのJITが温まる前なのかな。ループを長くしたら逆転するかも。PypyのJITが温まるまで4秒くらいとか聞いた気がするので、シミュレーションを1000 msから30000 msにしてみる。

Python2   23.4 s
julia    34.48 s

結果、差はだいぶ縮まったが、それでもPythonがちょっと速い。これならJITのあるjuliaが有利な条件だと思うけども。ふーーむ。juliaの偉い人が颯爽とアドバイスくれたりないかなぁ・・。

まあKyle Barbary氏の2014年のブログ記事の信憑性がましてしまった。

2017年7月12日 (水)

Juliaやってみよう。一日目。GRでプロット。

色々と気になっていたJuliaで遊んでみようのコーナーを思いつきで始めます。

普段はウィンドウズでPython使っているのでウィンドウズ、Pythonユーザー向けに書きます。

まずはなんかPlotしてみたいかな。

まずはJuliaのインストール

右も左も分からないので、まあOfficialからバイナリもってきて遊んでみよう。

https://julialang.org/downloads/

から最新版のウィンドウズ用exeインストーラーを落とせばよいのでしょう。今時は普通は64ビットですね。 執筆時点ではもう0.6リリースなってますね。私は手元に0.5があったので、今日はそのまま使います。

ライブラリのインストール

さて、JuliaにもPlotライブラリが色々とあるようです。どれにしようかな。

plot.lyのJulia版もあるようですが、JSON書くのいやなので、パス。

公式サイトのhttps://julialang.org/downloads/plotting.html

では、PyPlotというそのままな名前のライブラリでmatplotlibをJuliaから呼び出しちゃうという恐ろしいものがあった。うーむ、JupyterがIPython Notebookの時代にそんなデモをみたような。これはPythonを呼びに行っているのでPythonも必須。

せっかくなのでJuliaネイティブなライブラリを試したいので全部C/C+で書いてあるというGRというPlotライブラリを試すことにした。これPythonはもちろん、PyPyでも使えるらしいうえに、matplotlibのバックエンドとしてもつかえて30倍くらい線の描画が速いらしい。すごい。。。

JuliaにはPkgという多分標準ライブラリだと思うけど、パッケージマネージャーがあって、登録されているライブラリはPkg.add()で簡単に導入できるらしい。すごい。PythonもCondaで似たようなことができるけど、Juliaの方が進んでいる。

まずはPkg.status()で、導入されているライブラリを表示してみる。

Juliapkgstatus

ふむ。

それでは、Pkg.add("GR")でGRを導入。

Juliapkgadd

INFO: METADATA is out-of-date — you may not have the latest version of GR INFO: Use `Pkg.update()` to get the latest versions of your packages

へ?METADATAが古い?なんの?Pkg.update()すればいいの?

Juliapkgupdate

おお、PackageマネージャーのMETADATAが古いのですな。最新のGRは0.22.0になっているようです。

なんか裏で色々とcondaが暗躍している模様だが、Pkgの実装はピュアJuliaではないのだろうか。なぞ。

さて、Pkg.installed()としてみると、Pkg.update()がすでに全部アップデートしたようで、GRもバージョンが0.22.0になっている。楽じゃ!condaみたい。

GRで初めてのプロット

Pythonでいうimport分はusingらしいが、importというのもある。違いは調べてもよくわからないが、まあ追々でいいか。GRの公式サイトでもusingだったりimportだったりで、まあどっちでもいいようだ。

あとはPythonのようにplot([0,1,4],[3,2,5])のようにするだけでいいのだそうです。

using GR
plot([0,1,4],[3,2,5])

えい。

でた。

これって、plotはGR.plotと同じだと思うのでusingでもってくるとネームスペースのトップにエイリアスがくるっぽい。

タイトルを追加してみる。今度はGRから始まるネームスペースでやってみる。

GR.title("Yattsuke blog playing with Julia")

シーン・・・。何も起きない。PyPlotならshow()とかdraw()の場面だが、show()だとプロットが死んだ。drawはない。

GRの公式サイトの例だと

GR.updatews()

が正解っぽいが、何も起きない。さて・・・。

plotもう一回すると更新されるが、ドキュメンテーションみてもやっぱりupdatewsで正解っぽいなあ。。

うむ。まあ今回はこの程度で、つぎはIJulia使ってみるメウ。

Juliagrplot

2016年10月 5日 (水)

VirtualBox上のSAS University EditionサーバーにLAN経由でアクセス

昨日書いた記事で、SAS University EditionがサポートしているJupyter notebookサーバーをlocalhostからアクセスしてみました。

どうせなら、デスクトップでサーバーを走らせておいて、LAN経由でノートパソコンでアクセスできたらいいなぁとおもいやってみました。

試行錯誤しましたが、ブリッジモードにして、ポートフォワーディングをしてやればOKのようです。

Sas_bridge

ウィンドウズでVirtualBox Host-Only NetworkとPCの接続アダプター(Local Area ConnectionかWifi)を両方選択して、右クリックすると「ブリッジモードに追加」できます。ブリッジモードにするとNetwork Bridgeのアダプター用に新しいIPが振り分けられるので注意。

その後、

Sas_over_lan

ipconfigでLANのIPv4アドレスをしらべて、VirtualBoxのネットワークアダプター1をNATにしてポートフォワーディングをしてやります。

ぐぐるとHost-only adapterをつかえだの、Bridged adapterをつかえだのばかりあるのですが、私の場合NATで大丈夫でした。NATでもポートフォワーディングするまでだめだったし、ウィンドウズの方で設定したブリッジも外すとダメなので両方とも大事のようです。

同様にSAS Studioも10080をポートフォワーディングしてできるはずですね。

2016年10月 4日 (火)

SAS University EditionでJupyter Notebookしてみる。

昔は大学の研究室でも大金をはたかないと使えなかったSASが、今はSAS University Editionがあって、個人用なら基本部分はタダで使える時代になりました。RとかPythonとかがあるので、時代の流れですね。基本部分しかないのでオラクルとかのdbを直接アクセスとかはできませんが、データがcsvに変換できるならなんでも取ってこれるので、まあ結構使えます。

オフィシャルのアナウンスによると、SAS University Editionは2016年の7月以降のバージョンからはJupyter notebookがついてくるらしいですね。

普通は http://localhost:10080 としてSAS Studioに行きますが、jupyterのサーバーがポート8888を使っているので http://localhost:8888 でアクセスできるはずなんですが、ウィンドウズのVirtualBox上でSAS University Editionのサーバーを走らせるとなんかダメだった。

VirtualBoxのNATのネットワークドライバーのSettingを確認してみるとポートフォワーディングにHTTPとHTTPSしかないのが原因っぽいので追加してみる。

Sasunivnat

Sasportforwarding

一応自分でJupyterのサーバーを使ってPythonでなんかする可能性を考えると18888を8888へ送った方が良いかなと思ったのでそうしてみた。

Sasonjupyter

動いた!

別に特別なことはせずとも、SAS University Editionのサーバーが走っていればJupyterのサーバーもすでに走っているようだ。でもつかってみるとSASってログが冗長だしJupyterにはあんまり向いていない気がする。optionsでログ簡潔にすればいいのかな。

options nosource nonotes;

2015年10月28日 (水)

約80~70%の眠っている毛穴を活性化する薬が本物かもしれない件

Dailymailの記事Have scientists cured baldness? New drug reveals regrowth in mice in ten DAYSが詳しいですが、本日 Science Advancesという雑誌に発表されたコロンビア大学の研究によって、まったく新しい育毛剤が開発される可能性が出てきました。

人間の毛穴の大部分(約80~70%)は一度毛が抜け落ちると休眠期に入ってしまい、しばらく新しい毛を作らない状態になるのだそうです。

その眠っている毛穴をなんとか活性化してやればフサフサになるのも夢ではないかもしれないのですが、いままでそんな都合のいい薬はないわけです。

今回の発見ではアメリカのFDAが別の病気用にすでに認可している2つの薬(ルソリチニブとトファシチニブ)が、実は毛穴を活性化する効果を持っていたということで、人間に使っても安全であることが確認されているので、毛生え薬としての許可もかなり期待できます。どちらの薬も円形脱毛症の原因となる自己免疫疾患の薬としていままさに臨床試験をしている途中らしいです。FDAの認可も遠くないように見えます。

ルソリチニブ ruxolitinib(Incyteとノバルティス ファーマ)という薬は血液の病気に使われて、トファシチニブ tofacitinib(ファイザー製薬)という薬はリューマチ性関節炎に効く薬だそうです。これを経口投与(カプセルとか)や点滴で投与してもハゲには効果はないのですが、皮膚に塗るとネズミの実験では10日間で毛が生えてくるのだそうです。

とはいっても人間の皮膚・毛穴はネズミとはだいぶ違いがあるようで、色々な薬が開発されてネズミの動物実験で効果が確認されても人間では効果がないという結果が今までにも山程ありました。

なので、今回もそんなところだろうと思ったらすでに人間の皮膚の培養細胞で効果を確認しているらしいです。これはほんとに画期的で、いよいよまったく新しい育毛剤が登場するかもという期待が高まります。

ノバルティスの株価の反応を見てみるとマーケットは冷ややかですが、インサイトファイザーの方は上がってますね。

昔も「朗報。髪の毛は培養して増やして植え戻す時代が近い?」という記事にちょっと書きましたが、今までの育毛は「毛包から毛が抜けにくくする」か、「すでにある毛の成長を促す」かという消極的な方法しかありませんでした。

例えば、資生堂 アデノバイタルスカルプエッセンスV(下) はアデノシンを補給して、毛の成長を助ける栄養を与えているわけです。

でも、もっと直観的に毛を生やすというのは難しいのです。今回の発見で、眠っている毛穴を起こしてしまうというのは、自然な方法で副作用が少なさそうなうえに、非常に直接的な手段なので、非常に高い効果が期待できます。

今回論文が掲載されたScience Advancesという雑誌ですが、聞いたことがなかったのですが、あのネイチャー誌と並ぶ二大ジャーナルであるサイエンス誌を出版しているところの姉妹誌のようです。まだVol. 1 No. 9ということですのでかなり新しいです。コロンビア大の研究ですし、雑誌もまともなところなので、ちゃんとした研究ですね。

2015年7月28日 (火)

第6の味覚って本当? 米パデュー大の脂肪の味に反論してみる。

800pxflickr__cyclonebill__bacon_11 Photo by cyclonebill

ねとらぼで記事になっている「第6の味覚は「脂味」 米パデュー大の研究チームが発見」という記事について、コメントしてみます。

ねとらぼの記事によくまとまっていますが、この論文では今のところの定説である甘味、酸味、塩味、苦味、うま味の5つの基本味に加えて新たにOleogustusという脂肪の味?というのを提唱しています。これ自体はいろいろな研究者が主張しているのでいつの日か脂肪の味は基本味として認められるかもしれませんが、まだ誰もちゃんとした証拠をつかんでいないわけです。

かなりボールドな、大胆な主張ですので、これが本当であればもっとインパクトの高いNature誌とか、Science誌に掲載されてもしかるべきな研究成果なのですが、この論文が受理されたのは味覚や嗅覚の専門誌のChemical Sensesですので、読者はガチガチのその分野の専門家だけになります。まあNatureとかは投稿してもダメだったんでしょうね。

Chemical Sensesはこの分野の専門誌なので、レビューもまともな人がやるので悪い雑誌じゃないです。ヘタするとNatureよりもまともな査読になります。なので、一応行った実験の手順やデータはオーケーなんでしょうけど、Chemical Sensesにしては珍しく、この論文は結論がちょっと飛躍している印象があります。

まだPDFがダウンロードできなくって、Abstractプレスリリースしか読んでないのですが、この論文では心理学的な手法でボランティアの学生さんとか少額の謝礼を払って参加してもらった外部の人に被験者になってもらって、いろいろな味の液体を味わってもらってグループ分けしてもらうという手法がメインであるため、彼らの大胆な主張を十分に裏付けるには、かなり弱いです。もちろん液体の色とかにおいとかで差がでないようにいろいろと工夫をして、味だけで違いがわかるかを測るように注意して行われているので、人がnonesterified fatty acidsを他の味と区別できるということについてはまあ間違いないと思うんです。

ただ、それで世間が納得するかというとそうは行かないとおもいます。例えばリンゴも色々と味に違いがありますが、基本味の比率の違いや、食感の違いなどなどの組み合わせで味覚の認識が違うのは当たり前なので、「区別できる=基本味である」とはならないとおもいます。

Abstractやプレスリリースで触れていますが、被験者は”脂肪の味”になれていないので、はじめは”苦味”として認識してしまうといっています。そこで、旨味と苦味と”脂肪の味”の3つを区別するように頼んでみたらちゃんとできたよって内容です。

カプサイシン

砂糖と10倍濃度の砂糖を区別してもらって、区別できたらば基本味を増やさないと行けないのでしょうか?と考えると論理の飛躍というか無茶加減が分かって頂けると思います。(カプサイシンは痛覚でした)

本当にこの結論を受け入れてもらおうと思ったら、nonesterified fatty acidsに対応する味覚受容体細胞とか受容体タンパク質を同定するとか、色々すべきことがあります。

追記。スラドの書き込みで、京大農学部の伏木先生らのグループがCD36というfatty acidsに特異的な”受容体”をすでに同定しているらしいです。少なくとも2007の話らしいので、後出しでOleogustusとか命名までしちゃって図々しいなぁと思いますが、これが定着したらやったもの勝ちなのも事実。うまくやったなぁ。

CD36は脂肪酸以外にもいろいろコラーゲンとか受容する見たいだし、舌だけじゃなく鼻にもあったりするので基本味として認められるまでの道のりはまだ掛かりそう。

以前、第六の味覚:「カルシウムっぽい」発見かというのも話題になったりで、基本味が5つというのは揺れているのは間違いないです。

いま苦味として知られているものはものすごく沢山の化学物質が含まれるので、これを全部一緒にして、ひとつの”苦味”でいいのかというのは議論のあるところですし、旨味のグルタミン酸もはじめは苦味の一種だろうと考えられていたわけなので、基本味が5つのままでいつまで行くかについては個人的にはかなり疑問に思っています。彼らも脂肪の味が基本味であるという主張をしているようです。

ただし、そうするとどこで線を引いたらいいのか?となってきて、難しい話になります。なので、時間はかかるのかなと思います。

2015年5月25日 (月)

ガラス化法により低温保存してから生き返らせた線虫は過去の記憶をもっている。

Persistence of Long-Term Memory in Vitrified and Revived C. elegansという論文の紹介です。PDFもあります。

Vitrification、ガラス化法とは?

Vitrified and Revived C. elegansとはなんのことかと思って調べてみたら平たく言うと線虫を”冷凍”保存してから蘇生したということらしいです。

Vitrifiedという単語は聞き慣れないですが、What is Vitrification?を読むと分かりやすいですが、分かりやすく言えば卵子なのど細胞や小さな単細胞生物などの”冷凍”保存法のようですが、急速に冷やすことで氷が出来ない状態で固化するので、”冷凍”という言葉は不適切らしく、ガラス化法とか訳される場合もあるようですが、多分まだ訳語は定まってないでしょう。

ガラス化法を使うと線虫のような小さな生き物をグリセロールが入った溶液に漬けて、専用の機械で急速に冷やして低音保存することで長期保存可能になりますし、必要になったら専用の機械で急速に温めてやると高い確率(ほぼ100%)で生き返るようです。

うーむ、こんなことできるのかという感じです。

論文の内容

で、ようやくこの論文の内容ですが、線虫の幼虫にものを覚えさせて、Vitrificationを行い固化させてから-80度で2週間低音保存し、溶かしてからまだ覚えているか試したところ記憶が確認できたという話です。

このVitrificationという方法では急速に冷やすことと、氷の形成を防ぐグリセロールの効果で氷が膨らんで細胞を破裂することを防ぐため、細胞に対するダメージが少なく、細胞内や細胞間のタンパク質とかもよく保存されているということで、記憶まで保存できていたという話ですね。

人間でも可能なのか?

まあ上記の論文の方法ではグリセロールをうまく浸透させないといけないので、相当小さな生き物でしか高確率で生き返らせるのは無理ですが、より大きな生き物でも生き返る確率は低いですが出来なくはないと思われます。

実は氷の張った湖に落ちてしまい一時間以上心肺停止状態になってから発見されたようなケースでも、蘇生して、元気になり、脳にもなんら異常がなかったという報告は結構世界中にあります。当然、記憶も残っているわけですから上記の論文の売りの部分の「記憶が残っていた!」という部分はよく考えるとあまり新しくないぞと突っ込みたいところです。

しかも、水の温度が低いほど蘇生する可能性が高いのだそうです。つまり、ゆっくり冷やされて氷ができるよりガラス化法に近い形で速く冷やしたほうがダメージが少ないということでしょう。同じ理由で、発見されてから蘇生の手順もVitrificationのようにできるだけ急いで温めた方がおそらく生き返りやすいでしょう。

ただし、人間のように大きい生き物の場合、グリセロールの浸透も難しそうなので高確率で蘇生するのは難しいでしょう。

私の場合、グリセロールは食品中にもよく入っている化学物質なので、美味しいお刺身を世界中に輸送できるなぁと考えてしまいました。ルイベと違って寄生虫の除去は出来ないと思うけど味が落ちない低音保存法としてコストを考えなければ使えそう。

より以前の記事一覧

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    Jenny Mayhem
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